La inicial ermita de la Misericordia se construyó para albergar la imagen de la Virgen que apareció, en 1451, al comenzar las obras del claustro de la colegiata de Santa María. Parece ser que la imagen de la Virgen con la inscripción Mater misericordia fue enterrada para su protección durante la invasión árabe. El hallazgo hizo que en 1539 se pidiera permiso para edificar la mencionada ermita sobre los restos de otra más antigua, la de Santa Eulalia. La construcción de la ermita finalizó en 1546, y al año siguiente se hacen las primeras procesiones hasta ella.

A partir de 1560 se comienza la construcción de la casa, actualmente conocido como caserón, finalizándose en el año 1567. En 1578 empiezan las obras de ampliación de la casa, construyéndose el Cabildo Viejo y la «habitación de la Virgen». Seis años más tarde, el cabildo concede permiso para levantar dos aposentos. La Iglesia de Santa María continua con esta política de ampliación dada la creciente devoción profesada por los fieles.

En 1589 se reparan las estancias ya existentes, y se crean nuevas caballerizas en 1592. Las obras de ampliación continúan en el siglo XVII, siendo uno de los principales hitos la construcción de la escalera principal en 1681. Posteriormente, durante el siglo XVIII se completa el segundo piso, entre 1713 y 1731, y el tercero en 1795.

Un deteriorado Ecce Homo pintado en un muro de la iglesia a finales del siglo XIX, o principios del XX, obra del artista Elías García Martínez, fue «restaurado» fallidamente en 2012 por iniciativa de una parroquiana aficionada de 81 años, Cecilia Giménez, en el marco de una intervención improvisada. Esta actuación fue dada a conocer por el Centro de Estudios Borjanos en Internet, siendo recogido por los medios de comunicación que dieron una gran cobertura al suceso, otorgando fama mundial tanto a la pintura mural original como a la nueva obra resultante. (Wikipedia)