El actual edificio de la estación de Bilbao-Atxuri fue levantado en 1912 en sustitución de la terminal original de 1882, demasiado pequeña para hacer frente al constante incremento de tráfico de la línea. De estilo neovasco, fue diseñada por el arquitecto Manuel María de Smith.1 En la entrada de la estación, sobre el nombre de la antigua operadora, Ferrocarriles Vascongados, existe un conjunto de escudos compuesto por el de Vizcaya y Guipúzcoa, entralazados por el de Álava y las cadenas del escudo de Navarra. Esto es debido a que, cuando se construyó esta estación, la compañía Ferrocarriles Vascongados tenía previsto hacerse con el Ferrocarril Vasco-Navarro, adquisición que finalmente no se produjo.