Este monasterio fue mandado construir en el año 1053 por el rey García Sánchez III de Navarra «el de Nájera». La historia de su fundación va unida a una leyenda basada en un milagro de san Millán (o Emiliano), un joven pastor que se hace ermitaño.
Tambien se le conoce con el nombre de «Cuna de la Lengua» por las primeras palabras escritas en Las glosas del códice Æmilianensis 60, en total más de mil, están escritas en tres lenguas: en latín, en romance riojano precastellano y en euskera